استفاده از میکونازول به صورت سیستمیک در جانوران آزمایشگاهی امبریوتوکسیک بوده است.
طی دوره بارداری و شیر دهی با احتیاط مصرف شود. پایه ای که در فرآورده های واژینال وجود دارد، با مواد به کار گرفته شده در دیافراگم ضد بارداری و کاندوم ها ممکن است واکنش دهد
در صورت جذب سیستمیک میکونازول ممکن است تاثیر داروهای ضد انعقاد، سولفونیل اوره ها یا فنی توئین را افزایش دهد.
امفوتریسین تاثیر درمانی میکونازول را خنثی می کند.